生物安全柜中的风扇不能防火花。避免使用易挥发的易燃化学品，否则可能发生火灾或爆炸。
避免使用可能影响气流和损坏HEPA过滤器的本生灯或其他火焰。
生物安全柜内无微生物的环境中不需要明火。在敞开的长凳上，燃烧培养皿的颈部将产生向上的气流，防止微生物落入管或烧瓶中。然而，
生物安全柜内的明火造成湍流，扰乱了供给工作表面的空气模式。当被认为是**必要的时候，可以使用配备指示灯的触板式微燃烧器按需提供火焰。内部机柜空气干扰和热量累积将被**小化。工作完成后，燃烧器必须关闭。在柜内使用明火时，其附近任何酒精或易燃液体都可能引起火灾，因此必须小心谨慎。小型电炉可用于净化细菌环和针头，比生物安全柜内部的明火更好。使用预处理的无菌环也是一个不错的选择。
